Se você excluir a cópia de trabalho INTEIRA, incluindo a pasta de nível superior, deverá ter uma opção de checkout. O checkout deve estar disponível em qualquer diretório em que você não tenha uma cópia de trabalho.
Mas, na verdade, você pode não ter precisado excluir sua cópia de trabalho. Se sua cópia de trabalho apontar para algum pai da reorganização, você precisará apenas de svn update . Se a sua cópia de trabalho antiga está apontando para uma pasta que foi renomeada ou movida, você pode usar svn switch .