Corri no mesmo problema.
Eu programei o Product ID correto usando FT_PROG novamente. Você precisa editar o arquivo INF do driver FTDI, para que o dispositivo com os IDs errados seja reconhecido pelo driver.
Tudo parece funcionar bem por enquanto usando o Linux - o bastão é reconhecido novamente.
Quando eu conecto o stick de volta a um sistema Windows, o ID do produto é alterado para 0000 novamente.
Então, programe-o novamente, e usar o stick no linux só funciona para mim.