O tempo de desempenho de inicialização do Windows 8 nem sempre consegue monitorar todos os aplicativos. Exatamente o que constitui o período de inicialização não é bem definido, por isso, parece que o tempo gasto antes que o uso de CPU e disco caia para perto de zero.
Se um aplicativo decidir que precisa fazer algo, por exemplo, uma atualização, torna-se impossível para o Windows determinar quanto tempo ele passou inicializando. Isso é normal e nada para se preocupar.