O pacote gdb está disponível nos repositórios do Amazon Linux AMI. Os repositórios devem ser configurados por padrão. No seu caso, suspeito que a instância não pode contatar os repositórios, portanto, não é possível fazer o download do pacote. Para ver quais repositórios você ativou, execute:
sudo yum repolist
Isso deve retornar algo como:
Loaded plugins: priorities, update-motd, upgrade-helper
repo id repo name status
amzn-main/latest amzn-main-Base 5,017+2
amzn-updates/latest amzn-updates-Base 111
repolist: 5,136
Se você não tiver esses repositórios listados, certifique-se de que a instância possa chegar ao repositório (geralmente, permitir o acesso à Internet). Além disso, verifique se você não fez nenhuma alteração nos arquivos no diretório /etc/yum.repos.d/.
O comando pstack está incluído no pacote gdb, portanto, um pacote separado para pstack não é necessário.
-Heath