Você mencionou o documento do Word e o FileZilla, por isso suponho que você usa o Windows e não possui o Active Directory.
Na verdade, é muito simples, escolha um computador para armazenar seus arquivos (seu servidor central), crie uma pasta compartilhada chamada Compartilhada e, em seguida, duas subpastas, por exemplo, Equipe1 e Equipe2. Dentro daqueles que você cria, Agent1, Agent2 e assim por diante ...
Aplique permissões por usuário em cada uma delas e pronto. Cada novo arquivo e pasta herdarão as permissões de sua pasta pai.
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Devido aos seus comentários, eu acho que você não está muito familiarizado com os conceitos de compartilhamento de arquivos, então tente dar uma olhada neste cara explicando: Introdução ao compartilhamento de arquivos e Compartilhamento e permissões . O segundo é para o servidor Windows, mas os mesmos conceitos se aplicam ao Windows 7 e ao Windows 8.
Você também pode encontrar muitas instruções no site Windows e Technet .
O superusuário não é realmente o lugar para um guia completo de soluções, então aprenda isso, essa será a solução mais simples para os usuários finais e, no final das contas, isso é o que importa para os usuários corporativos. Se você acha que isso não é para você - contrate alguém para fazer isso, acredite em mim, você não quer mexer e acabar em seu pior pesadelo dois anos depois.
Ah e BACKUP você compartilhou a pasta!