Você não precisa de uma tabela de partições no pen drive. Você pode simplesmente copiar a imagem ISO para o dispositivo bruto, como
dd if=image.iso of=/dev/sdb
A maioria dos BIOS vai reconhecê-lo.
P.S. Por que você espera que o md5sum da saída dd corresponda à soma da imagem iso ??? O dd simplesmente imprime o resumo da transferência, e é isso que o seu md5sum obterá do pipe.