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está relatando o uso de disco dos arquivos, e não o tamanho acumulado dos arquivos que parece ser o que você espera.
Diferentes sistemas de arquivos (como NTFS e ext4, por exemplo) usam métodos diferentes para armazenar diretórios e metadados de arquivos, como permissões de arquivos. Eles também podem usar um tamanho de unidade de alocação diferente (tamanho de cluster / registro) que leva a uma diversidade na sobrecarga por arquivo.
Não há surpresa, portanto, para o mesmo conjunto de arquivos usar o tamanho do disco diferente quando armazenado em sistemas de arquivos diferentes.