Cores da janela:
Para alterar a cor da fonte, não altere o "Texto da cor", é necessário alterar o "Primeiro plano padrão".
Para alterar o fundo do Putty, você precisa alterar o "Plano de fundo padrão".
Para alterar a cor do cursor, você precisa alterar "Cursor Color"
@cychoi acima está correto, se você alterar o "texto do cursor" e digitar algo em massa e, em seguida, clicar na seta à esquerda, isso alterará o caractere em que o cursor está para a cor selecionada para "texto do cursor".