Binários auto-compilados devem ser colocados em /usr/local/bin ; as instruções alteram esse padrão via --prefix=/usr e VIMRUNTIMEDIR . Com isso, você terá um conflito com os pacotes Vim fornecidos pela distribuição, e acho que é isso que está causando seus problemas.
Portanto, elimine essas instruções especiais e deixe o Vim instalar em /usr/local/... ; você só precisa incluir /usr/local/bin no seu PATH para invocá-lo.