rpm usa um banco de dados (geralmente em / var / lib / rpm) onde armazena informações sobre instalações. Se você criar (renomear, copiar) um arquivo no diretório de instalação, o rpm não o removerá, pois não está no banco de dados. Se você modificar um arquivo, o rpm não o removerá, pois possui informações diferentes no banco de dados. O rpm não irá apagar um diretório não vazio.
Se você quiser excluir o diretório inteiro usando o rpm, será necessário reconstruir o banco de dados antes da desinstalação. Veja rpm {--initdb|--rebuilddb} [-v] [--dbpath DIRECTORY] [--root DIRECTORY]