Não vou responder ponto por ponto, pois não sei todas as respostas, mas vou dar-lhe estas dicas:
- Um chroot não é muito difícil de se livrar. Uma VM é um pouco mais difícil.
- Uma VM é muito mais fácil de configurar e gerenciar, pois é um sistema operacional completo.
- Um chroot pode ter uma pegada menor, já que não é necessariamente um sistema operacional completo.
- Em ambos os casos, o ambiente convidado não será atualizado quando você executar atualizações no host. Você terá que digitar o chroot ou a VM e atualizá-lo manualmente.
- Uma VM tem um recurso que pode ser bom ou ruim para você: você normalmente precisa provisionar uma quantidade fixa de memória para ela. O Minecraft pode ter muita fome de memória, então você pode ficar sem uma VM. Por outro lado, uma VM seria uma maneira fácil de colocar um limite rígido nos recursos que ela pode usar.
- Nem uma VM nem um chroot colocarão limites intrínsecos ao que os usuários podem fazer pela rede. Apenas um firewall pode fazer isso.