Como esses arquivos são compartilhados em uma unidade de rede, é altamente provável que outra pessoa que esteja usando os arquivos esteja salvando-os com o cálculo automático desativado. Isso é evidente porque você diz que seus arquivos são apenas certos. Isso indica que esses são os arquivos que a pessoa salvou dessa maneira.
Para verificar isso, abra um dos arquivos com problema, volte para o cálculo automático e salve-o novamente. Abra novamente. Se as alterações permanecerem, você precisará descobrir quem está salvando-as dessa maneira.