Suas opções de saída são realmente limitadas com o iMovie e essa é a intenção ... a maioria dos consumidores não se importa com os detalhes da tecnologia. Tenho certeza de que lightworks teria algumas opções mais avançadas, mas eu pessoalmente nunca usei isso.
O MPEG Streamclip é um ótimo conversor (gratuito) que lhe dá um controle refinado de suas configurações de saída. A desvantagem é que ele dá a você um controle refinado de suas configurações de saída ... ou seja, ele tem muitos botões. Ele é voltado para os mercados profissionais de transmissão / pós-produção, então espere um pouco para exportar seus vídeos até que acerte tudo.
O Adobe Media Encoder é outra ótima ferramenta voltada para os 'prosumers' e o topo, mas não é grátis. Ainda assim você pode converter quase qualquer coisa e faz um bom trabalho. Faça o download do teste e veja se ele atende às suas necessidades.Da memória há uma opção "match source" com o MPEG Streamclip e o Adobe Media Encoder.
Você também pode tentar o Final Cut Pro X ... não o usei pessoalmente (Eu entrei para muitos que pularam de navio depois que a Apple abandonou o mercado profissional), no entanto, eles são fazendo um esforço para reconquistar usuários e eu ouvi algumas coisas boas sobre isso. Certamente está mais perto do iMovie do que qualquer outro NLE.