Você pode fazer algo assim no powershell:
$files = dir *.BAK
foreach($file in $files) {
Rename-Item $file $file.BaseName -ErrorAction Ignore
}
Haverá apenas um erro se esses arquivos não existirem mais ou se você estiver tentando sobrescrever um arquivo.
Se você quiser ver o que ele fará primeiro, adicione o sinalizador -WhatIf.