Os diretórios podem ser controlados usando as variáveis definidas na Especificação de diretório base do XDG .
As variáveis relevantes para você são $XDG_DATA_HOME , $XDG_CONFIG_HOME e $XDG_CACHE_HOME .
Os valores padrão usuais são:
XDG_CONFIG_HOME : ~/.config
XDG_DATA_HOME : ~/.local/share
XDG_CACHE_HOME : ~/.cache
Não sei qual é o melhor local para defini-las, mas .profile vem à mente. Certifique-se também de exportar as variáveis.