Dê uma olhada na pasta /usr/share/themes/Adwaita/gtk-3.0/, existe um arquivo gtk-dark.css. Não tenho a menor idéia do motivo de estar lá, porque não instalei o tema escuro da Adwaita. Além disso, o menu Configurações avançadas está me mostrando apenas o tema Adwaita, não é possível escolher um tema escuro. Então parece que não está instalado. Do meu ponto de vista, esse arquivo não faz sentido. Mas, em vez de excluí-lo, mova-o para gtk-dark.css.bak e recarregue o shell. Isso consertará a aparência do EOG, Totem e também do Gnome MPlayer.