A lentidão em uma máquina pode ser causada não apenas pela atividade da CPU, mas também pela atividade do disco, e eu já vi isso em várias ocasiões. Às vezes, isso pode estar relacionado a um processo em segundo plano que acessa um arquivo grande.
Para verificar a atividade do seu disco, baixe o Process Monitor da Sysinternal. Quando o computador está lento, execute o utilitário para eu dizer não mais que um minuto (mais do que isso não é realmente necessário).
Ao concluir seu rastreio, conte o número de vezes que cada arquivo foi acessado durante o rastreamento capturado. Para fazer isso, vá para Ferramentas - > Contagem de Ocorrências de Valores - > Selecione Caminho no menu suspenso Coluna e clique no botão Contagem. Clique no botão Contagem para classificar os números de contagem em ordem crescente e decrescente e deve ficar claro quais arquivos estão sendo acessados com mais intensidade. Clique duas vezes em qualquer um desses caminhos de arquivo para focar neles e ver quais programas são responsáveis pelo acesso ao disco.