Se você identificou o MySQL como o culpado, considere o uso do Percona Toolkit para identificar se há alguma dúvida em particular que possa estar causando o problema:
Estou tentando encontrar um gargalo no meu servidor, especificamente na minha aplicação web, de por que as coisas estão indo muito devagar. Aqui está uma captura de tela do meu htop:
Tanto quanto eu posso dizer que o mysql aqui está quase tirando todos os recursos da CPU. Eu me pergunto como posso atenuar isso.
Se você identificou o MySQL como o culpado, considere o uso do Percona Toolkit para identificar se há alguma dúvida em particular que possa estar causando o problema: