Você estará usando a mesma instalação do Apache que estava usando antes - não é necessário colocar seus arquivos em uma pasta www separada. Você só precisa dizer ao Apache para usar o novo PHP que você acabou de construir. Verifique sua configuração do Apache para ver se há uma linha do LoadModule correspondente ao seu novo PHP. Deve ser algo como
LoadModule php5_module /usr/lib/apache2/modules/libphp5.5.0.so
Se houver, você poderá reiniciar o Apache e ele funcionará. Se o seu LoadModule ainda estiver se referindo ao sistema php, edite-o para apontar para a nova versão e reinicie o Apache. Mais informações na documentação: link