O tamanho da unidade de alocação fará pouca ou nenhuma diferença de desempenho notável aqui. Um tamanho grande demais pode levar a um uso ineficiente do espaço de armazenamento se você tiver muitos arquivos pequenos. Fique com o padrão e deixe o controlador de cartão SD lidar com o gerenciamento de blocos e o armazenamento em buffer - é isso que está lá, de qualquer maneira.
A maneira de obter o melhor desempenho e confiabilidade é em um nível mais alto, durante as transferências de dados reais; por exemplo. ao copiar arquivos, use tamanhos de bloco que sejam múltiplos de tamanhos de bloco de leitura / gravação (embora geralmente você esteja limitado, por exemplo, às taxas de transferência da interface do adaptador USB ou de qualquer maneira). Observe que os cartões SD podem ter diferentes tamanhos de bloco de leitura / gravação / exclusão. Você também pode usar programas como estes ou TeraCopy , que fornecem melhor desempenho e flexibilidade do que a cópia / movimentação padrão do Windows.