Isso não é específico apenas para aplicativos da Web, mas para qualquer ícone no Iniciador.
Você pode agrupar todos eles usando drawers 
Porfavor,consulte
Eu ativei o webapps PPA que me permite ter páginas da web integradas no Ubuntu, mas como eu uso várias hoje, notei que o meu launcher tinha MUITOS ícones agora. Por exemplo eu tenho facebook, launchpad, grooveshark, gmailm linkedin e outros. Existe uma maneira de reuni-los todos em um ícone que eu possa clicar com o botão direito ou clique esquerdo e ver cada um em um menu?
Você pode adicionar uma solicitação de recurso ao projeto do Webapps Launchpad.
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