A prática que eu já vi recomendada com mais frequência é despejar o banco de dados de configuração ( slapcat -n0 ), periodicamente como uma tarefa cron ou sob demanda, e verificar a saída no controle de versão.
Uma alternativa é git init o próprio diretório do banco de dados de configuração. Eu não sei muito sobre os prós ou contras dessa abordagem.