O que acontece no seu caso é que provavelmente a configuração contém a opção always_set_home que muda o diretório home e assim a configuração para / root.
Soluções:
- Você pode usar
sudoedit
para essa finalidade, o que preservará seu ambiente. - Você pode verificar sua configuração do sudo usando
sudo visudo
e comentar a opçãoalways_set_home
- Você pode usar
sudo -E gedit file
para preservar o ambiente
Não tenho conhecimento de quaisquer implicações de segurança, mas é claro que coisas desagradáveis acontecerão se alguém substituir o arquivo de configuração do gedit por um link simbólico em um arquivo do sistema. Mas se você usar sudo gedit, presume-se que você saiba o que está acontecendo em seu sistema.