Basta criar um grande arquivo zip e, em seguida, usar o comando split
do linux para dividi-lo em peças. cat
pode ser usado para reuni-los em um arquivo grande.
Se você quisesse dividir um arquivo em partes de 1 GB, o comando de divisão seria algo como:
$ split -b 1073741824 myfile.zip myfile-split-
Para remontar:
$ cat myfile-split-* > myfile.zip
Sua taxa de compactação diminuiria drasticamente se você realmente acessasse vários arquivos zip.
Eu recomendo que você obtenha um md5sum do arquivo antes da divisão e, em seguida, verifique se o md5 corresponde após a remontagem.