Existem dois "problemas" com estas teclas de atalho.
O primeiro é: estes são manipulados pelo próprio gnome-terminal por padrão; eles embaralham a ordem das guias. Você precisa desativar esse comportamento no Prefs - > Atalhos.
O segundo é: depois disso, eles ainda são manipulados pelo gnome-terminal da forma como Shift + PageUp (sem Ctrl ) é tratado ; isto é, role no buffer do histórico. As versões mais recentes do gnome-terminal e vte realmente emitem alguma seqüência de escape se você estiver na chamada tela alternativa (que não tem um scrollback), e felizmente o tmux muda para isso.
Até agora, você deve desabilitar os atalhos conforme mencionado acima e (sem executar o tmux) alternar para a tela alternativa e testar se as teclas realmente emitem algo. Execute
echo -ne '\e[?47h'
cat
e pressione essas teclas. Você precisa ver ^[[5;6~ e ^[[6;6~ aparecendo. Se não, você pode ter um antigo gnome-terminal e vte, e a atualização deve ajudar.
O próximo passo é configurar o tmux para reconhecê-los. Eu não estou familiarizado com isso, mas tenho certeza que é facilmente factível.