Eles são bastante comuns, mas eu não os chamaria de onipresentes. Cabe aos programadores fazê-los funcionar em seus programas. No topo da minha cabeça, os atalhos de teclado do hjkl funcionam em alsamixer, tela GNU, menos, vimperator, mutt, ncdu. OTOH eles não funcionam por padrão no moc (você precisa modificar o arquivo keymap, muito fácil de fazer) ou menu raiz do fluxbox. Eu me acostumei com eles, embora eu use o Emacs diariamente. Usando o xmodmap você pode fazer uma combinação de algumas teclas + j para mover para baixo e assim por diante, para que o hjkl funcione em todos os programas.