Você deve basicamente instalar o sublimelint a partir do Package Control, reiniciar o Sublime Text uma vez e certificar-se de que possui dependências externas, conforme listado no README.
Se você estiver usando o SublimeLinter (que eu considero um fork hostil de sublimelint), a única etapa extra deve ser instalar o pacote de linting específico do idioma a partir do controle de pacote. Lembre-se, o SublimeLinter3 é um projeto completamente diferente do SublimeLinter (2), já que eles bifurcaram meu projeto novamente para obter suporte ao ST3. As instruções nessa resposta mais antiga são provavelmente para o Sublime Text 2.
No caso do PHP, você precisa ter o PHP instalado no seu sistema e no seu PATH. Se não estiver no seu PATH, você precisa alterar suas configurações de linter para apontar para o executável correto.
Então, executar php -v
de uma linha de comando produz qualquer saída? Se não, você provavelmente precisará instalá-lo ou apontá-lo em suas configurações de sublimelint ou SublimeLinter.