Isso é causado por um bug do IE9. Se você parar o serviço de proxy, ele retornará um pacote RST e o IE9 adicionará o proxy à lista de proxy inválido. Se o seu servidor proxy estiver realmente desativado e houver um tempo limite do TCP, o IE9 não colocará seu proxy na lista de proxy inválida.
Para resolver esse bug, você precisa instalar o seguinte hotfix:
O hotfix também está incluído no seguinte Boletim de segurança: link
Mas lembre-se de que você precisa instalar a ramificação LDR deste Boletim de segurança, pois a instalação normal (ramificação GDR) não instalará os hotfixes.