Na maioria das vezes, uma falha ao executar uma VM com o VirtualBox corromperá o perfil, não o VDI.
Tente criar um perfil novo e adicione o VDI existente como o disco. Você também pode tentar um scandisk ou equivalente no sistema host, se você não tiver.
ou
Siga as etapas abaixo para resgatar dados:
1- crie um novo perfil com seu .vdi para resgatar como um disco rígido
2- faça o download de um live CD do linux (como filhote de cachorro, gparted, xubunu ...) e adicione-o como uma imagem de cd ao vivo para o novo perfil
3- inicie a VM
4- monte o arquivo .vdi (no meu caso foi sda2) e resgate seus arquivos como quiser.