O Wget apenas "vê" os cookies definidos pelo servidor. Não processa o código JavaScript, pelo que não obtém, por ex. Cookies do Google Analytics.
Exemplo www.t3n.de:
Mas com o wget, isso parece com isso (sem cookies encontrados):
$ wget www.t3n.de -q --keep-session-cookies --save-cookies=cookies.txt -O /dev/null && cat cookies.txt
# HTTP cookie file.
# Generated by Wget on 2014-06-19 13:53:30.
# Edit at your own risk.