O sistema de arquivos não é o problema nem é o que aparece, é apenas uma representação do usuário. Para evitar a corrupção de arquivos, é necessário que essa unidade desative seu armazenamento em cache.
Agora, não me lembro do caminho do XP, mas deve estar em suas propriedades. Clique com o botão direito na unidade > Propriedades > procure Políticas e selecione Remoção rápida, se ainda não estiver selecionada.
Abaixo de 7, sei que está abaixo Clique com o botão direito na unidade > Propriedades > hardware > selecione a unidade em questão > Botão Propriedades > Guia Políticas.
Eu também tenho uma unidade, é um desses discos rígidos USB de 1,8 ". Idealmente, seria melhor aparecer como uma unidade removível, mas ela aparece como um HD simples, que tem suas vantagens quando tentando inicializar sistemas operacionais, e ele está pronto para remoção rápida e formatado com NTFS.Eu não tenho problemas com ele, mesmo que na maioria das vezes eu apenas arrancá-lo da porta USB sempre que eu precisar dele.