Duas coisas:
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Às vezes, programas fixos podem interferir no tema clássico, já que sua altura mínima pode ser maior que a altura da barra de tarefas.
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O que há na bandeja do seu sistema? Alguns módulos podem interferir; por exemplo. no meu ThinkPad, o ícone da bateria do ThinkPad Power Manager é exibido ao lado da bandeja do sistema e é maior do que uma linha da barra de tarefas única clássica e, portanto, faz isso.
Em qualquer caso, não tem nada a ver com o Windows armazenar geometria incorreta ou algo assim: algo na barra de tarefas é maior do que a altura de uma única linha - e o Windows está se ajustando para acomodá-lo; Você precisa descobrir o que é. Certifique-se de configurar sua barra de tarefas para usar ícones pequenos e ocultar quaisquer programas que possam estar adicionando elementos grandes à bandeja do sistema. Além disso, tente desmarcar qualquer aplicativo que seja.