Funciona assim com a minha instalação do Ubuntu 11.10-Windows 7-Wubi.
Meu menu do GRUB tem entradas para 11.10 (que é sua própria partição), assim como meu Windows 7.
Quando eu quero acessar minha instalação do Wubi, eu seleciono o Windows, e depois há outra entrada para acessar minha instalação do Wubi ou inicializar o Windows. Aqui está um vídeo de como isso funciona.