Tente usar o cliente da área de trabalho novamente - é a melhor maneira com uma interface de usuário.
Caso contrário, use o recurso "pesquisa" na interface da web. Isso pode te dar uma lista de 100 arquivos por vez. Você pode clicar no primeiro e clicar no último para selecioná-los, e clique com o botão direito e escolha "excluir". Isso permite que você exclua 100 de cada vez.
Se você for um programador, poderá automatizar isso com a API REST. Usando quaisquer ligações de API que você encontrar, chame o recurso "pesquisar" repetidamente (por exemplo, com todas as letras A-Z) para obter as listas de arquivos cem por vez. Para cada chamada, a chamada da API "rm" para o indivíduo a exclui.
É possível que exista uma ferramenta de linha de comando que um usuário avançado possa usar para fazer isso, mas não a encontrei especificamente - acabei de codificar usando a API.