Sempre que você quiser trabalhar com partições no Windows, use o Gerenciamento de disco. O gerenciamento de disco pode ser encontrado em Start > Control Panel > System and Security > Administrative Tools > Computer Management > Disk Management
.
Sim, você pode formatar os 3 GB de espaço não utilizado e usá-lo com o Windows. Sim, você pode usar o Gerenciamento de disco para remover quaisquer partições que não precise mais (mesmo que estejam formatadas com algo que o Windows não reconheça).