A distribuição Linux vem com a versão de código aberto das adições de convidados do VirtualBox instaladas. Quando você executa o script no CD virtual, ele está avisando que está prestes a sobrescrever aquele instalado pelo (no seu caso) Debian. Vá em frente e continue com a sobregravação e, em seguida, reinicialize a máquina virtual. Você saberá que está funcionando quando você tiver a tela completa.
Você NÃO é obrigado a instalar o VB no convidado.
Espero que isso ajude.