Como não há muitos detalhes em sua postagem, veja uma opção amplamente definida que você pode escolher. Você pode contornar o problema de alteração de referência primeiro passando os novos dados para um banco de dados . Em seguida, sua pasta de trabalho mestre pode consultar o banco de dados em vez do arquivo baixado.
Você parece saber programação suficiente para que isso não seja muito difícil de implementar. Aproximadamente, você agendaria uma tarefa de inserção em massa para seguir o novo arquivo que está sendo baixado. O Microsoft Access seria suficiente para essa tarefa e fácil de consultar no Excel. Caso contrário, um banco de dados leve como o SQLite3 seria suficiente, mas você pode encontrar dificuldades consultando o Excel (consulte aqui para obter mais detalhes).