Primeiro, verifique se você tem um diretório ~/.ssh/
e um arquivo ~/.ssh/known_hosts
nele. Talvez você tenha substituído o arquivo por um link simbólico para /dev/null
?
Verifique também se o ~/.ssh/config
(ou o global /etc/ssh/ssh_config
) está configurado para usar um local diferente para o UserKnownHostsFile
.