Infelizmente, você não pode usar o GRUB2 para substituir o NTLDR porque o GRUB2 não pode se carregar de uma partição NTFS.
Você deve entender que a instalação do Ubuntu via Windows NÃO cria sua própria partição, mas cria um arquivo simples na partição NTFS que é montada em loop e depois formatada como ext3. É por isso que essa partição será somente detectada pelas ferramentas que estão sendo executadas na instalação do Ubuntu - nem o Windows nem o LiveUSB / LiveCD irão detectá-la.