Ao particionar a unidade, você deve garantir que você tenha "/" e "/ swap" dentro de toda a partição criptografada. Parece que você fez, mas você pode não ter escrito alterações no disco para que o instalador possa reconhecê-lo. Ou isso ou você está selecionando a partição errada.
Sim, você pode usar o particionamento guiado para torná-lo muito mais fácil para você.