Isso não será um problema para o sistema operacional e para a maioria dos programas que eu conheço. Eu faço uma coisa semelhante com o meu sistema, e assumo de mim esquecendo onde está, eu não tive nenhum problema.
Estou executando o Windows (8.1) 32 bits e participo meu disco em vários discos lógicos. 1 para OS, 1 para dados e 1 para aplicativos. Não consegui encontrar resposta para minha pergunta: Posso fazer o mesmo particionamento com o Windows 64? Há algum problema conhecido com isso? E quanto ao fato de o Windows 64 usar 2 pastas de arquivos de programa, isso poderia ser um problema?
Você pode ter um número limitado de partições primárias (4 no Windows), mas o limite da partição lógica está em 3 dígitos
você só precisa de 2 partições primárias, basicamente, se estiver instalando o Windows 8 1. para Bootloader (o tamanho um 350 MB) 2. Partição do Windows
o descanso poderia ser uma divisão lógica.
para responder a sua pergunta com x64, não será um problema
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