Eu resolvi esse problema adicionando uma seção "Monitor" ao arquivo xorg.conf.
A parte que precisava ser adicionada é listada como "
Section "Monitor"
Identifier "monitor"
Option "Rotate" "Left"
EndSection
Você precisa consultar o monitor na seção da tela:
Section "Screen"
Identifier "Screen0"
Device "Videocard0"
Monitor "monitor" #<----- This line
DefaultDepth 24
SubSection "Display"
Modes "1280x720"
Viewport 0 0
Depth 24
EndSubSection
EndSection