O problema é que, se o tráfego é criptografado, há muito pouco que você pode fazer para filtrar o tráfego, porque você não pode dizer o que é. Qualquer conexão pode estar usando um dos muitos protocolos diferentes e, se estiver criptografada, você não sabe qual protocolo está usando.
Dito isso, você ainda pode tentar usar um roteador avançado para bloquear as portas padrão que esses serviços usam, mas não há como bloquear completamente o uso de portas alternativas por alguém.