A resposta simples seria um sim, para sua própria pasta de inicialização. Você precisaria fazer isso para cada pessoa, por isso é no perfil de cada usuário.
No entanto, dependendo de coisas como política de grupo, você pode ser bloqueado bem apertado. Muito disso depende da empresa, dos programas que precisam ser executados e dos direitos necessários para que o usuário execute esses programas.
Espero que ajude.