Estou assumindo que por "corrompido" você apenas quer dizer que o Linux não inicializa ou está quebrado por algum motivo.
Se este for o caso, você não precisa fazer nada para "torná-lo utilizável novamente". Distribuições como o Ubuntu geralmente possuem um bom instalador que mostra as partições de suas unidades e permite que você escolha onde instalar. Se você quer apenas começar de novo com sua partição Linux, certifique-se de saber qual é e escolha essa partição no instalador. O instalador cuidará do resto para tornar a unidade pronta para instalação.
No Windows, você pode clicar com o botão direito do mouse em Meu computador, selecionar Gerenciar e usar o Utilitário de disco para ver as partições. Isso permitirá que você veja seus tamanhos e rótulos para saber qual deles usar no Linux.