o seu sysntax exec está errado
string exec ( string $command [, array &$output [, int &$return_var ]] )
Você precisa definir um limite de tempo antes de começar seu código, algo parecido com isto
<?php
set_time_limit(5);
exec(" /usr/local/bin/wrun 'uptime;ps -elf|grep httpd|wc -l;free -m;mpstat'",$uptime);
?>