Use veja para executar seu comando em um intervalo.
watch -n 20 'bash -c "diff <(cat /path/to/file | sort) <(cat /path/to/file)"'
Esse comando em particular poderia ser escrito de forma mais simples assim.
watch -n 20 'bash -c "diff <(sort /path/to/file) /path/to/file"'
Atualização:
Como alternativa, talvez porque o relógio não mostre toda a saída, você pode colocar seu comando em um loop while.
while true; do diff <(sort /path/to/file) /path/to/file; sleep 20; done