O uso básico é o mesmo - os programas em questão permitem que você execute outros programas como outro usuário, geralmente root. A diferença, no entanto, entre sudo variants e pkexec é que sudo fornece ao programa controle total sobre tudo, enquanto que com pkexec você tem um controle muito mais refinado definindo uma política para cada programa.
Se você confia nos programas que você executa, o sudo está perfeitamente bem. Se você quiser realmente bloquear tudo e permitir que os programas façam apenas o que você permitir, use pkexec que vem junto com polkit .
Embora a idéia por trás de pkexec seja boa, eu não iria ao ponto de chamá-la do próximo gksu , devido à configuração complexa necessária.
Referência: a diferença entre sudo e pkexec no Quora .