Você precisa reordenar seu parâmetro include/exclude
se tornar
# rsync -azvr --include lib/project/config.js --exclude config.js . dest
sending incremental file list
./
lib/
lib/project/
lib/project/config.js
Em vez disso
# rsync -azvr --exclude config.js --include lib/project/config.js . dest
sending incremental file list
./
lib/
lib/project/
sent 73 bytes received 23 bytes 192.00 bytes/sec