na minha opinião, uma maneira mais segura de conseguir isso seria fazer o backup desses diretórios e, em seguida, reinstalar com a distribuição de sua escolha.
Se você quiser fazer backup da sua lista de pacotes instalados para reinstalá-los mais tarde, tente algo como:
dpkg --get-selections > ~/Package.list
e depois para restaurar a lista mais tarde (em uma distro baseada no debian):
dpkg --set-selections < ~/Package.list
deselect
veja link para mais ideias.